membuat pohon filogeni menggunakan MEGA

program MEGA, (Moleculer Evolutionery Genetics Analysis) merupakan program untuk membantu menganalisis gen, DNA, kromosom, ataupun protein pada berbagai organisme, sehingga dapat disusun kesamaan dan perbedaan materi tersebut pada organisme, serta kedekatan kekerabatan antar spesies dengan penyusunan pohon phylogenetik. Penggunaan Gen Bank NCBI dan Program MEGA akan sangat membantu dalam pembuatan karya ilmiah seperti skripsi dan lainnya.

Tujuan dari perangkat lunak MEGA adalah untuk memberikan alat untuk mengeksplorasi, menemukan, dan menganalisis urutan DNA dan protein dari evolusi perspektif. Versi pertama dikembangkan untuk komputasi terbatas sumber daya yang tersedia pada komputer pribadi rata-rata di awal 1990-an.

MEGA juga termasuk penjelajah matriks dan filogenik jarak dan sebagai modul grafis canggih untuk representasi visual data masukan dan output hasil. Fitur-fitur ini, yang kita bahas dibawah ini, selain mengatur MEGA lain urutan program analisis komparatif. Seperti versi sebelumnya, MEGA dirancang khusus untuk mengurangi waktu dibutuhkan untuk tugas-tugas biasa dalam analisis data dan untuk menyediakan metode statistik analisis genetik molekuler evolusi dalam komputasi mudah digunakan meja kerja.

Pohon filogenetik dibuat untuk memvisualisasikan hubungan evolusi diantara berbagai spesies atau benda-benda lain. Pohon filogenetik yang berupa diagram bercabang-cabang ini dapat dikonstruksi berdasarkan kesamaan atau perbedaan sifat fisik atau genetik seperti sekuen DNA, sekuen asam amino (protein), pola pemotongan enzim restriksi, ukuran allel pada analisa microsatellite, dan lain-lain. Dalam artikel ini kita akan membuat pohon filogenetik berdasarkan sekuen DNA gen 16S ribosomal RNA dari bakteri-bakteri

berikut merupakan hasil pembuatan pohon filogeni menggunakan MEGA:

gambar diatas berdasarkan enzim hidrolase sari 4 speies yang berbeda

penggunaan NCBI

NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik, merangsang riset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data genome, dan menyebarkan informasi biomedical – yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya.
langkah penggunaan:
1. Buka situs http://www.ncbi.nlm.nih.gov
2. Untuk mencari katagori protein

3. Setelah tampilan muncul, entri jenis protein yang akan dicari, contohnya progesteron;

4. Hasil searching akan didapat tampilan seperti berikut:

5. akan menghasilkan lebih dari satu sekuen yang bersesuaian

6. Klik “Accession” terpilih

dalam format fasta

mencari protein catalase

pilih fasta

contoh lain katagori protein adrenalin

dalam format fasta

contoh lain jika ingin mencari struktur protein, pilih kategori struktur dan ketik protein

hasilnya

internet for scientific literatures

Jenis literatur menurut  tingkat ketajaman analisisnya dapat dibagi 3 golongan, yaitu

a)    Literatur primer
Literatur primer adalah karya tulisan asli yang memuat kajian mengenai sebuat teori baru, atau penjelasan suatu gagasan dalam berbagai bidang. Literatur primer bisa berupa artikel majalah ilmiah, laporan penelitian, disertasi, paten, standard, makalah seminar dan lain-lain.

b)    Literatur sekunder
Literatur sekunder merupakan literatur yang berisi informasi mengenai literatur primer. Literatur sekunder menawarkan literatur primer dengan cara meringkas atau menbuat indeks, jadi literatur sekunder tidak berisi pengetahuan baru, melainkan hanya mengulang dan menata pengetahuan yang sudah ada. Literatur ini termasuk dalam jenis koleksi referensi seperti kamus, ensiklopedi, thesaurus, direktori, majalah abstrak, majalah indeks, bibliografi, tinjauan literatur, termasuk juga pangkalan data dan lain-lain.

c)    Literatur tersier
Literatur tersier adalah literatur yang memuat informasi yang merupakan petunjuk untuk memperoleh literatur sekunder. Yang termasuk literatur tersier adalah bibliografi dari bibliografi, direktori dari direktori dan lain – lain.

mencari jurnal di internet
1. menggunakan google scholar
misalkan mencari jurnal sintesis tawas, maka setelah di ketik muncul beberapa berkas pdf nya

2.

 

PERANGKAT LUNAK PEGEMBANGAN BASIS DATA

sedikit mengenai perangkat lunak basis data yang saya pelajari minggu lalu (20 april 2015) pada praktikum penkom..
Basis data (database) adalah suatu kumpulan data yang disusun dalam bentuk tabel-tabel yang saling berkaitan maupun berdiri sendiri dan disimpan secara bersama-sama pada suatu media. Basis data dapat digunakan oleh satu atau lebih program aplikasi secara optimal, data disimpan tanpa mengalami ketergantungan pada program yang akan menggunakannya.

Relasi antara dua file atau dua tabel dapat dikategorikan menjadi tiga macam. Demikian pula untuk membantu gambaran relasi secara lengkap terdapat juga tiga macam relasi dalam hubungan atribute dalam satu file.
1. One to one relationship
Model relasi one to one relationship
Hubungan antara file pertama dengan file kedua adalah satu berbanding satu. Hubungan tersebut dapat digambarkan dengan tanda kotak untuk menunjukan table dan relasi antara keduanya diwakilkan dengan tanda panah tunggal.

2. One to many relationship
Model relasi one to many relationship
Hubungan antara file pertama dengan file kedua adalah satu berbanding banyak atau dapat pula dibalik banyak lawan satu. Hubungan tersebut dapat digambarkan dengan tanda kotak untuk menunjukkan tabel dan relasi antara keduanya diwakilkan dengan tanda panah ganda pada salah satu hubungan.

3. Many to many relationship
Model relasi many to many relationship
Hubungan antara file pertama dengan file kedua adalah banyak berbanding banyak. Hubungan tersebut dapat digambarkan dengan tanda kotak untuk menunjukkan tabel dan relasi antara keduanya diwakilkan dengan tanda panah ganda pada kedua hubungan tersebut

Primary key atau kunci utama merupakan kolom atau kumpulan kolom yang secara unik membedakan antara baris yang satu dengan lainnya; sebagai contoh adalah kode departemen. Kolom dengan kategori ini tidak boleh mengandung nilai “null”, dan nilainya harus unique (berbeda antara baris satu dengan lainnya)
sedangkan foreign key atau kunci tamu merupakan kolom atau kumpulan kolom yang mengacu ke primary key pada tabel yang sama atau tabel lain. Foreign key ini dibuat untuk memaksakan aturan-aturan relasi pada basis data. Nilai data dari foreign key harus sesuai dengan nilai data pada kolom dari tabel yang diacunya atau bernilai “null”
keduanya digunakan untuk membuat relasi

1.membuat design tabel
klik kanan-design view


Field properties digunakan untuk melakukan pengaturan pada item dalam table

2. relationhip

membuat relasi antar tabel

kemudian

isi tabel yang akan dibuat relasi

table relationship

3. membuat form
Pilih tabel – Create – form wizard

Pilih atribut yang akan ditampilkan

hasilnya akan tampil seperti ini

bisa dilakukan penambahan dan pengurangan dan edit data

4. membuat report
Create – Report wizard

pilih yang akan ditampilkan

Ascending adalah mengurutkan dari yang terkecil
Descending adalah mengurutkan dari yang terbesar

hasilnya aka tampil seperti

sekian, terima kasih 😀

hari senin 23 maret 2015 saya mempelajari html pada praktikum penkom, html bisa dibuat dengan notepad++
search-notepad++

membuat halaman web sederahana dengan mengetikkan seperti gambar pada notepa++

maka tampilannya akan menjadi

tabel pada html

akan muncul tampilan
membuat tekfield
tampilannya warna baground pada html

foto pada html
audio pada html

footer

sekian,, semoga bermanfaat maaf jika ada kurang dan salah nya 😀

PERANGKAT LUNAK : APLIKASI PRESENTASI

sekilas tentang perangkat lunak aplikasi presentasi yang saya pelajari pada praktikum penkom 16 Maret 2015 lalu..

membuat presentasi baru,
kemudian
anda dapat juga mengatur template slide dengan cara
dan pilih sesuai dengan kebutuhan presentasi anda.
jika menyisipkan gambar dapat juga mengatur design gambar agar gambar yang disisipkan lebih baik, dan anda juga dapat mengatur tampilan transisi silde seperti yang di inginkan agar lebih menarik


dan menambahkan effect

pilih sesuai keinginann
untuk mengatur animasi pada objek

hyperlink: berfungsi untuk menghubungkan gambar, teks, atau obyek presentasi lainnya ke slide lain dalam satu presentasi, presentasi lain, aplikasi, file dengan format lain dan alamat web. untuk memilih obyek yang akan diberi link :
insert- hyperlink

atau klik kanan pada obyek- hyperlink
kemudian pilih file yang ingin dihhubungkan

sekiaaann kalo ada salah maafiin karna saya jga masih belajar, semoga bermanfaat 😀

PENGOPERASIAN EXCEL

mencari rata-rata

 

mencari huruf mutu


Mencari status lulus atau tidak

aplikasi pengolahan kata ….

senin 2 maret 2015 saya mempelajari aplikasi pengolahan kata microsoft word..

1. membuat daftar isi otomatis

buat kerangka dokument , lalu lakukan pelevelan dengan judul bab memakai heading 1
dan judul isi memakai heading 2

klik menu reference – table of contents

hasil

2. section memisahkan halaman

page layout-breaks-next page
kemudian menu insert- page number



klik menu insert-pagenumber-format page number



3. equation editor
insert-equation-insert new equation



4. menambahkan ke quick acces toolbar
klik lambang office- word option

customize- all comand-pilih yang ingin disisipkan ke quick acces toolbar
terima kasiiiiihh…. 😀

PENGENALAN PERANGKAT KERAS KOMPUTER

naah disini saya akan sedikit memaparkan perangkat keras yang ada pada komputer kita niih..

1.keyboard

control panel – hardware and sound – keyboard

keyboard propertis

atau ketik di pencarian “control panel”

2. mouse

ketik di pencarian “mouse” lalu pilih
akan muncul mouse propertis, dapat diatur sesuai keinginan dan kebutuhan anda

3. resolusi

klik kanan pada desktop – personalize – display

4. printer

langsung ketikkan printer pada pencarian maka akan muncul kemudian pilih

dan akan muncul perangkat printer yang sedang terhubung dengan komputer anda

5. sound

control panel – hardware and sound

6. network

control panel – network conection

lalu akan ada internet propertis

7. RAM

desktop – computer klik kanan – propertis

untuk melihat kapasitas masing-masing penyimpanan

klik kanan pada desktop – open windows explorer

sekiaaaan, semoga dapat dipahami, terima kasiiiihhh 😀

mengenal sistem utilitas pada android

sistem utilitas pada android ada apa aja siih?? hmmm… pastinya udah pada tau kaaann?

1. file manager, yang digunakan untuk mencari file pada smartphone dengan cepat, caranya tinggal pilih icon file manager pada smartphone anda

pilih memory card lalu cari file yang anda inginkan

2. fasilitas utilitas pada android

yang tersedia yaitu back up kalender dan alarm, cukup dengan memilih iconnya pada smartphone anda.

3. fasilitas kompresi pada android

digunakan untuk memperkecil ukuran file yang ada pada android, jika ukuran file kecil maka akan bisa menyimpan file lebih banyak pada perangkat android.

sekian dulu penjelasan singkat mengenai sistem utilitas pada android, terima kasiiiihhh 😀